המרכז לפליטים בנגב הוא מיזם התנדבותי הפועל עם ולמען אוכלוסיית מבקשי המקלט בדרום. המיזם עובד באופן ישיר עם קהילות שונות של מבקשי מקלט באזור הדרום. נכון להיום, זהו המיזם היחיד שבסיסו בדרום אשר עובד עם ומול אוכלוסיית מבקשי המקלט. הפעילים רואים חובה לעזור לאלו הנרדפים במדינתם והופכים לחסרי מעמד וזכויות בהגיעם לישראל. המרכז פועל על פי מודל ייחודי וחדשני של מרכז קהילתי אשר מובל על ידי ארגון חברה אזרחית, ונציגי הקהילה הסודנית והאריתראית. המיזם מסייע לפליטים באמצעות:
*סיוע פרטני למבקשי מקלט.
*תמיכה בהשתלבות מבקשי מקלט בקהילה בעזרת שיעורי שפה, קורסים מקצועיים, ליווי למוסדות שונים, סדנאות למיצוי זכויות ועוד.
*יצירת שיח ומודעות בקרב הציבור הישראלי בעזרת הרצאות, סיורים במתקן חולות ואירועים משותפים לישראלים ומבקשי מקלט.